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Gewählte Publikation:
Mairitsch, M.
Methoden der Erregerdiagnostik in der Augenheilkunde
von der Kultur über PCR bis hin zu Next Generation Sequencing
Humanmedizin; [ Diplomarbeit ] Medizinische Universität Graz; 2023. pp. 74
[OPEN ACCESS]
FullText
- Autor*innen der Med Uni Graz:
- Betreuer*innen:
- Sommer Michael
- Wedrich Andreas
- Altmetrics:
- Abstract:
- Titel: Methoden der Erregerdiagnostik in der Augenheilkunde von der Kultur über PCR bis hin zu Next Generation Sequencing Hintergrund: Die Keratitis und die Endophthalmitis sind zwei bedrohliche Erkrankungen in der Ophthalmologie, die die Einleitung einer frühestmöglichen, adäquaten Therapie erfordern. Zur Diagnostik wird an den meisten Zentren bei Verdacht ein Abstrich bzw. eine Probe entnommen und anschließend eine Kultur angelegt oder eine PCR durchgeführt. Leider sind diese Diagnostikmethoden in vielen Fällen wenig sensitiv, trotzdem gelten sie bis heute als Goldstandard. Inzwischen gibt es jedoch modernere Verfahren wie die Next Generation Sequencing Methoden. In dieser Diplomarbeit werden die drei Diagnostikmethoden einander gegenübergestellt und wertend verglichen. Methoden: Die Gegenüberstellung erfolgt anhand einer Literaturrecherche. Dazu wurden geeignete Suchbegriffe definiert, bei denen auf Synonyme geachtet wurde. Alle Publikationen mit Aussagen oder konkreten Werten zur Sensitivität, Spezifität, Auswertungsdauer, Kosten oder Verfügbarkeit der Diagnostikmethoden wurden eingeschlossen. Des Weiteren wurde ein Filter gewählt, der die Suche auf die letzten fünf Jahre einschränkt, Tierstudien und Fallberichte wurden ebenfalls ausgeschlossen. Die Suche hat zu 327 Ergebnissen geführt, von denen jeweils das Abstract auf Ein- und Ausschlusskriterien geprüft wurde. Am Ende blieben 30 Publikationen übrig, jeweils fünfzehn für Keratitis und fünfzehn für Endophthalmitis, die in der Arbeit behandelt werden. Ergebnisse: Sowohl bei der Keratitis als auch bei der Endophthalmitis ist NGS die sensitivste Diagnostikmethode. Dabei spielt es keine Rolle, ob die Infektion auf Bakterien, Pilze oder Protozoen zurückzuführen ist. Die Spezifität wird für alle Diagnostikmethoden mit an 100% grenzenden Werten angegeben. Während die Auswertungsdauer von NGS und PCR nur wenige Stunden bis Tage dauert, ist die Auswertungsdauer der Kultur deutlich länger und benötigt je nach Erregerart und Keimzahl bis zu mehreren Wochen. Die Kosten sind für die Kultur am geringsten, PCR ist etwas teurer und NGS ist am kostspieligsten. Weiterhin bietet NGS die Möglichkeit, das ganze Augenmikrobiom in kurzer Zeit zu sequenzieren und analysieren. Schlussfolgerung: Die Kultur ist die kostengünstigste und im Zusammenspiel mit der Klinik des Patienten eine bewährte Diagnostikmethode. Es ist davon auszugehen, dass sie in naher Zukunft trotz ihrer vergleichsweisen geringen Sensitivität der Goldstandard in der Diagnostik bleiben wird. Es gibt einige Ursachen wieso in der Kultur keine Erreger nachweisbar sind, wie beispielsweise eine niedrige Keimzahl in der Probe, schwer zu kultivierende Erreger wie Pseudomonas, eine Antibiotikabehandlung vor der Probenentnahme sowie die Gewebeart der Probe. In diesen Fällen wird in der untersuchten Literatur das Zurückgreifen auf PCR und NGS als Ergänzung vorgeschlagen. Noch besser wäre es, wenn die beiden sensitiveren Methoden direkt eingesetzt werden, beispielsweise indem die Entscheidung auf der Grundlage eines Algorithmus getroffen wird, der ebendiese Faktoren berücksichtigt. Die Möglichkeit von NGS das gesamte Augenmikrobiom in kürzester Zeit zu analysieren, ist aktuell Gegenstand weiterer Forschungen. Es bleibt offen, welchen diagnostischen Wert Veränderungen des Mikrobioms bei infektiösen Erkrankungen haben.