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Gewählte Publikation:
Sieghartsleitner, E.
Evaluierung der RNA Gewinnung nach Stanzbiopsie für Genexpressionsanalysen beim Mammakarzinom
Humanmedizin; [ Diplomarbeit ] Medical University of Graz; 2019. pp. 50
[OPEN ACCESS]
FullText
- Autor*innen der Med Uni Graz:
- Betreuer*innen:
- Peintinger Florentia
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- Abstract:
- Ziel: Eine gute Qualität und ein ausreichender Gewinn von RNA aus Brustkrebsgewebe sind wichtige Voraussetzungen für die qualitätsgesicherte Durchführung von genomischen Tests in klinischen Studien. Das Ziel der Auswertung dieser Studie besteht darin die Menge und Qualität der extrahierten RNA unter Verwendung zweier verschiedener Biopsienadeln zu bestimmen und die Ergebnisse statistisch zu vergleichen. Material und Methoden: Das Protokoll AGO-35 der Arbeitsgemeinschaft für Gynäkologische Onkologie befasst sich mit der prospektiven Validierung von genomischen Signaturen zur Erfassung der Chemosensitivität der axillären Lymphknoten nach neoadjuvanter Chemotherapie beim HER2 negativen Mammakarzinom. Zur histologischen Sicherung der Diagnose wurde eine Stanzbiopsie durchgeführt. Zwei Mammabiopsien wurden in RNAlater konserviert, bei -80°C zwischengelagert und anschließend in das M.D. Anderson Cancer Center (Houston, TX, USA) zur genomischen Analyse mittels Affymetrix Human Gene U133A versendet. Für die Biopsien wurde entweder die Bard® oder Climed® 14-Gauge Biopsienadel verwendet. Bei 55 Patientinnen wurde die RNA Integrity Number (RIN), der RNA Quotient OD260/OD280, die RNA Konzentration und die RNA Menge bestimmt. Die statistische Auswertung wurde mittels deskriptiver statistischer Methoden und dem Mann-Whitney-U Test zum Vergleich der RNA Ergebnisse durchgeführt. Ergebnisse: 39 Mammabiopsien wurden mittels der Bard® Nadel und 16 Mammabiopsien mittels der Climed® Nadel durchgeführt. Unterschiede in der RNA Menge zwischen den beiden Nadeln: 11.8 versus 13.0 μg (Unterschied = 1.2 μg, 95% Konfidenzintervall, P = 0.9335) Unterschiede der RIN zwischen den beiden Nadeln: 8.9 versus 9.0 (Unterschied = 0.1, 95% Konfidenzintervall, P = 0.3984) Unterschiede des RNA Quotienten OD260/OD280 zwischen den beiden Nadeln: 2.1 versus 2.1 (Unterschied = 0, 95% Konfidenzintervall, P = 0.8160) Unterschiede in der Konzentration zwischen den beiden Nadeln: 199 versus 326 ng/μL (Unterschied = 127 ng/μL, 95% Konfidenzintervall, P = 0.0323) Conclusio: Die Menge und die Qualität der extrahierten RNA sind wichtige Faktoren für Genexpressionsanalysen in Mammakarzinomgewebe. Alle 55 Mammabiopsien wiesen eine ausreichende Menge und Qualität der extrahierten RNA auf. Der Vergleich beider Nadeln hinsichtlich der RNA Konzentration zeigte einen signifikanten Unterschied zugunsten der Climed® Nadel.