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Mannert, L.
Charakterisierung des Mikrobioms im Aszites bei Patienten/innen mit Leberzirrhose
Humanmedizin; [ Diplomarbeit ] Graz Medical University; 2018. pp. 63
[OPEN ACCESS]
FullText
- Authors Med Uni Graz:
- Advisor:
- Prattes Jürgen
- Zollner-Schwetz Ines
- Altmetrics:
- Abstract:
- Hintergrund: Die bakterielle Translokation von Darmbakterien in den Aszites spielt in der Pathogenese der Leberzirrhose und deren Komplikationen wie der spontan bakteriellen Peritonitis sehr wahrscheinlich eine wesentliche Rolle. Bisher wurden zur Untersuchung des Aszites-Mikrobioms hauptsächlich konventionelle, kulturelle Methoden verwendet. Diese Pilotstudie verwendete Next Generation Sequencing (NGS) zur Analyse der bakteriellen DNA im Aszites, dem Stuhl und der Haut. Ziele der Studie waren die Charakterisierung des Aszites-Mikrobioms sowie der Vergleich mit dem des Stuhls und der Haut, um Aussagen über mögliche Zusammenhänge treffen zu können. Methoden: Insgesamt wurden zwischen Juli 2016 und September 2017 12 Patienten und Patientinnen mit dekompensierter Leberzirrhose für unsere Pilotstudie rekrutiert. Die Parazentesen wurden im Rahmen des stationären Aufenthalts routinemäßig durchgeführt. Zusätzlich wurden je eine Stuhlprobe und ein Hautabstrich der desinfizierten Punktionsstelle gewonnen. Die Untersuchung der Proben auf Bakterien-DNA mittels 16S rRNA Gen Sequenzierung erfolgte im Zentrum für Medizinische Forschung der Medizinischen Universität Graz. Zur Datenanalyse wurde die Software Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME, v1.9.1) verwendet. Ergebnisse: Nach Durchführung von Chao1 alpha diversity Berechnungen fanden wir signifikante Unterschiede (p=0,015) zwischen Stuhl- und Aszitesproben sowie zwischen Stuhlproben und Hautabstrichen. Zur Bestimmung der Beta-Diversität wurden ein Anosim (Analysis of Similarities) Test und eine Clustering Analyse durchgeführt. Sowohl der Ansoim Test (p=0.001) als auch die Clustering Analyse zeigten, dass Aszites-, Stuhlproben sowie Hautabstriche eine signifikant unterschiedliche Beta-Diversität aufweisen. Auf Ebene der Phyla wiesen alle drei Probentypen eine unterschiedliche Verteilung auf. Während im Aszites Proteobacteria (85.6%) dominierten, wurden im Stuhl hauptsächlich Firmicutes (48.1%), Bacteroidetes (24%) und Proteobacteria (21%) gefunden. Häufigste Bakterien im Aszites waren Ralstonia (63.8%), Paenibacillus (7.9%) und Bradyrhizobium (5.1%). Diese wurden nicht im Stuhl gefunden. Diskussion: Unsere Ergebnisse zeigten signifikant unterschiedliche bakterielle Zusammensetzungen der Stuhl- und Aszitesproben. Auch zwischen den Hautabstrichen und den Aszitesproben konnten wir signifikante Unterschiede nachweisen. Zusammenfassend können wir nicht bestätigen, dass das Mikrobiom im Aszites direkt aus dem Gastrointestinaltrakt transloziert. Kontamination durch Hautkeime während der Parazentese kann ausgeschlossen werden. Weitere Auswertung unserer Daten und Studien mit höherer Fallzahl werden nötig sein, um diese Aussagen zu verifizieren.