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Gewählte Publikation:
Bizon, B.
Ultra-deep Sequenzierung für die Detektion von HIV-1 Subtyp B Mutationen
[ Diplomarbeit/Master Thesis ] Medical University of Graz; 2010. pp.65
[OPEN ACCESS]
FullText
- Autor*innen der Med Uni Graz:
- Betreuer*innen:
- Kessler Harald
- Altmetrics:
- Abstract:
- Ziele: Die Untersuchung der Ausführbarkeit der Ultra-deep Sequenzierungsmethode (UDS) für eine verlässliche Detektion der HIV-1 Subtyp B Mutationen. Der Vergleich der Ergebnisse der UDS Methode mit jenen der routinemäßig eingesetzten Standard Sequenzierungsmethode. Methoden: Um die Validität zu testen wurden Proben mit dem Genotyp B des Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD) mit der neuen UDS-Methode analysiert. Die klinische Durchführbarkeit von 45 klinischen Routineproben wurde überprüft und die Ergebnisse mit der Standard Methode verglichen. Ergebnisse hinsichtlich der Medikamentenresistenz wurden für die UDS-Methode mittels HIV Medikamentenresistenzen-Datenbank der Universität Stanford erhalten. Für die Ergebnisse bezüglich der Standard Sequenzierung wurden die GuideLines rules (Teil der TruGene HIV-1 Untersuchungsmethode von Siemens Health Care Diagnostics in der Version 14.0) verwendet. Die Zuverlässigkeit wurde durch eine einfache Wiederholung der UDS-Sequenzierung von 21 Proben bestimmt. Resultate: Bei der Überprüfung der Genauigkeit stimmten alle bis auf einen Mutations-Codon mit den QCMD Ergebnissen überein. Die Analyse von 45 klinischen Routineproben zeigte mit der neuen UDS-Methode eine Gesamtanzahl von 268 Varianten mit einer Prävalenz von 1% von 44 verschiedenen Mutations-Codons. Beim Vergleich mit der Standard Sequenzierungsmethode wurden 170 identische Mutationen mit beiden Systemen gefunden. 98 mehr Mutationen wurden mit der UDS Methode allein und 18 Mutationen mit der Standard Methode allein gefunden. Die Präzisionstestung ergab einen Korrelationskoeffizienten von R2=0.984. Fazit: Die neue-UDS Methode zeigte eine gute Genauigkeit und eine bedeutende klinische Durchführung mit einer hohen Präzision der Testergebnisse. Für den Einsatz im Routinelabor ist die Steigerung des Automatisierungsgrades der Methode zur Reduktion der Durchlaufzeit notwendig.