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Gewählte Publikation:
Obenauf, A.
Array-CGH in the context of chromosomal instability and cancer
[ Dissertation ] Medical University of Graz; 2010. pp.162
[OPEN ACCESS]
FullText
- Autor*innen der Med Uni Graz:
- Obenauf Anna Christina
- Betreuer*innen:
- Speicher Michael
- Trauner Michael
- Altmetrics:
- Abstract:
- In vielen Bereichen ist die Menge an DNA ein limitierender Faktor, oft stehen überhaupt nur einzelne Zellen zur Verfügung. Aus diesem Grund wurden verschiedene Strategien zur Vervielfältigung der DNA für weiterführende Analysen, z.B. der array-CGH, entwickelt. Das erste Ziel der Doktorarbeit war es, die exakten Auflösungsgrenzen bei der Untersuchung von Kopienzahlveränderungen in Einzelzellen und Zellpools zu bestimmen. Dafür wurden die neuesten Array-Technologien eingesetzt und ein Algorithmus zur Analyse von Array-Profilen aus Einzelzellen entwickelt. Wir konnten zeigen, dass Kopienzahlveränderungen von 500kb in Zellpools und 2,6 ¿ 3,0 Mb in Einzelzellen zuverlässig nachgewiesen werden können. Die Studie von balancierten Translokationen bietet die Möglichkeit den Phänotyp der Zelle/des Organismus direkt mit der Funktion eines Gens in Verbindung zu bringen. Methoden zur genauen Charakterisierung von Translokationsbruchpunkten setzen jedoch die Isolierung von Translokationschromosomen mittels einer Durchflusszytometrie-Technik voraus. Eine, mit wesentlich geringerem Aufwand verbundene, Methode zur Isolierung von Translokationschromosomen ist die Laser-Mikrodissektion. Das zweite Ziel der Doktorarbeit war es, Bruchpunkte von laser-mikrodissezierten Translokationschromosomen basenpaargenau zu bestimmen. Dies wurde anhand eines Jungen mit einem Spalt-Hand-und-Fuß-Malformations-Syndrom und einer bekannten Translokation t(7;13) demonstriert. In kolorektalen Tumoren spielen balancierte Translokationen eine eher untergeordnete Rolle, Kopienzahlveränderungen und Mutationen treten hingegen sehr häufig auf und tragen maßgeblich zur Initiation und dem Fortschritt der Erkrankung bei. Im Falle der blastischen plasmazytoiden dendritischen Zellneoplasie (BPDCN), einem seltenen Hauttumor, sind ähnliche Mechanismen verantwortlich. Das dritte Ziel der Doktorarbeit war es, eine detaillierte Karte aller Kopienzahlveränderungen in kolorektalen Tumoren und BPDCNs zu erstellen und die beteiligten Gene in funktionellen Pathways zusammenzufassen. Es gibt einige Ansätze die humane Krebsentstehung im Mausmodell zu imitieren um frühe Formen oder den Verlauf von Tumoren studieren zu können. Das vierte Ziel der Doktorarbeit war es, basale intestinale Krypten von Telomerase defizienten Mäusen mit konditionellem p53 knockout im Darm auf chromosomale Instabilität hin zu untersuchen. Unsere Daten deuten darauf hin, dass die Deletion von p53 im Darmgewebe zu einer verringerten Beseitigung von chromosomal instabilen Stammzellen in Telomerase defizienten Mäusen führt.